scBFA

DOI:10.18129 / B9.bioc.scBFA

这是发展scBFA版本;稳定版请参见scBFA．

一种使用基因检测模式来降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包旨在通过二元因子分析模型对scRNA-seq的基因检测模式进行建模。该模型允许用户传递到细胞水平的协变量矩阵X和基因水平的协变量矩阵Q，以解释妨害方差(e。G批处理效应)，输出低维嵌入矩阵供下游分析。

作者:李若欣[aut, cre]， Gerald Quon [aut]

维护者:李若欣

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scBFA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scBFA”)

超文本标记语言	R脚本	scRNA-seq基因检测分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，BatchEffect，DimensionReduction，GeneExpression，KEGG，质量控制，SingleCell，软件，转录组
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，修拉，质量，zinbwave统计数据,连系动词，ggplot2，DESeq2， utils，网格，方法，矩阵
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA
BugReports	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scBFA_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	scBFA_1.13.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	scBFA_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scBFA_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBFA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scBFA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scBFA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scBFA/
软件包下载报告	下载数据