scAnnotatR

DOI:10.18129 / B9.bioc.scAnnotatR

这是发展scAnnotatR版本;稳定的发布版本,请参阅scAnnotatR。

Pretrained学习模型细胞类型对单细胞RNA-sequencing数据预测

Bioconductor版本:发展(3.17)

包包含一组pretrained机器学习模型预测基本免疫细胞类型。这使所有用户能够迅速得到第一个细胞类型的注释出现在他们的数据集,而无需先验知识。scAnnotatR还允许用户来训练自己的模型来预测新的基于特定细胞类型研究的需要。

作者:v阮(aut),Johannes偶联(cre)

维修工:约翰偶联<约翰内斯。主任在meduniwien.ac.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scAnnotatR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scAnnotatR”)

HTML	R脚本	1。介绍scAnnotatR
HTML	R脚本	2。培训基本模型
HTML	R脚本	3所示。培训子模型
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,GeneExpression,SingleCell,软件,SupportVectorMachine,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),修拉,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
进口	dplyr,ggplot2,脱字符号,ROCR,pROC,data.tree、方法、统计数据e1071,猿,kernlab,AnnotationHub,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,scRNAseq,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/grisslab/scAnnotatR
BugReports	https://github.com/grisslab/scAnnotatR/issues/new
取决于我
进口我
建议我	scAnnotatR.models
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scAnnotatR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	scAnnotatR_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	scAnnotatR_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scAnnotatR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAnnotatR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scAnnotatR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scAnnotatR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scAnnotatR/
包下载报告	下载数据