土星

doi:10.18129/b9.bioc.saturn

这是发展土星的版本;对于稳定版本,请参阅土星

对散装和单细胞RNA的应用应用的差分转录使用的可扩展分析

生物导体版本:开发(3.14)

土星提供了一个可笑的性能且可扩展的框架,用于执行差异转录用法分析。该软件包由三个主要功能组成。第一个函数FITDTU拟合了在不同感兴趣组中模拟转录本的准广义线性模型。第二个功能,TestDTU测试了感兴趣组之间的转录本的差异使用。最后,PlotDtu可视化感兴趣的群体中转录本的使用曲线。

作者:Jeroen Gilis [AUT,CRE],Kristoffer Vitting-Seerup [CTB],Koen van den Berge [CTB],Lieven Clement [CTB]

维护者:jeroen gilis

引用(从r内,输入引用(“土星”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: Install(“ Saturn”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“土星”)

html R脚本 土星 - 小插图
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,实验设计,,,,基因表达,,,,多重组合,,,,rnaseq,,,,回归,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学,,,,可视化
版本 1.1.0
在生物导体中 Bioc 3.13(R-4.1)(<6个月)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 4.1)
进口 locfdr,,,,总结性特征,,,,生物比较,,,,林玛,,,,pbapply,,,,GGPLOT2,,,,引导,,,,矩阵,统计,方法,图形
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,COVR,,,,生物使用,,,,AnnotationHub,,,,Ensembldb,,,,EDGER,,,,dexseq,,,,斯塔格,,,,延迟
系统要求
增强
URL https://github.com/statomics/saturn
BugReports https://github.com/statomics/saturn/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 土星_1.1.0.tar.gz
Windows二进制 土星_1.1.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) 土星_1.1.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/saturn
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/土星
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/saturn/
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