这是发展土星的版本;对于稳定版本,请参阅土星。
生物导体版本:开发(3.14)
土星提供了一个可笑的性能且可扩展的框架,用于执行差异转录用法分析。该软件包由三个主要功能组成。第一个函数FITDTU拟合了在不同感兴趣组中模拟转录本的准广义线性模型。第二个功能,TestDTU测试了感兴趣组之间的转录本的差异使用。最后,PlotDtu可视化感兴趣的群体中转录本的使用曲线。
作者:Jeroen Gilis [AUT,CRE],Kristoffer Vitting-Seerup [CTB],Koen van den Berge [CTB],Lieven Clement [CTB]
维护者:jeroen gilis
引用(从r内,输入引用(“土星”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: Install(“ Saturn”)的用法
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“土星”)
html | R脚本 | 土星 - 小插图 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,实验设计,,,,基因表达,,,,多重组合,,,,rnaseq,,,,回归,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学,,,,可视化 |
版本 | 1.1.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.13(R-4.1)(<6个月) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 4.1) |
进口 | locfdr,,,,总结性特征,,,,生物比较,,,,林玛,,,,pbapply,,,,GGPLOT2,,,,引导,,,,矩阵,统计,方法,图形 |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,COVR,,,,生物使用,,,,AnnotationHub,,,,Ensembldb,,,,EDGER,,,,dexseq,,,,斯塔格,,,,延迟 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/statomics/saturn |
BugReports | https://github.com/statomics/saturn/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | 土星_1.1.0.tar.gz |
Windows二进制 | 土星_1.1.0.zip(32-和64位) |
MacOS 10.13(高山脉) | 土星_1.1.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/saturn |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/土星 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/saturn/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |