衬衣

DOI:10.18129 / B9.bioc.sarks

这是发展版本的衬衣;稳定的发布版本,请参阅衬衣。

后缀数组内核平滑相关序列的发现和multi-motif域

Bioconductor版本:发展(3.17)

后缀数组内核平滑(见https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797),或衬衣,识别序列的存在与数字分数(如微分表达式统计)分配给序列(如基因启动子)。袍排除序列相似性,量化的位置在一个后缀数组的全套输入序列。第二轮的平滑空间内邻近序列揭示了multi-motif域。发现图案可以合并或延长在多基于邻接。假阳性率估计和控制的排列测试。

作者:丹尼斯·威利(aut (cre)

维护人员:丹尼斯·威利< denniscwylie gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(衬衣)

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文档

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PDF	R脚本	sarks-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,FeatureExtraction,GeneExpression,GeneRegulation,MotifDiscovery,RNASeq,软件,转录组
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	rJava,Biostrings,IRanges,跑龙套,统计数据,集群,binom
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,ggplot2
SystemRequirements	Java (> = 1.8)
增强了
URL	https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797https://github.com/denniscwylie/sarks
BugReports	https://github.com/denniscwylie/sarks/issues
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sarks_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	sarks_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sarks_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sarks_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sarks
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/衬衣
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sarks/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sarks/
包下载报告	下载数据