sangeranalyseR

DOI:10.18129 / B9.bioc.sangeranalyseR

这是发展sangeranalyseR版本;稳定的发布版本,请参阅sangeranalyseR。

sangeranalyseR:一套函数R桑格序列数据的分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包是建立在sangerseqR允许用户创建叠连群Sanger测序读的集合。它提供了一个广泛的选择为一些常见的行为包括阅读修剪,检测二次峰值,并使用一个参考序列检测indels。所有的参数都可以交互地调整在R或相关的应用程序。有广泛的在线文档,包可以输出详细的HTML报告,包括色谱。

作者:罗伯Lanfear <抢劫。lanfear gmail.com >, Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

维修工:Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sangeranalyseR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sangeranalyseR”)

HTML	R脚本	sangeranalyseR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,GUI,遗传学,预处理,质量控制,SangerSeq,测序,软件,可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0), stringr,猿,Biostrings,解读、平行、reshape2 phangorn,sangerseqR,闪亮的gridExtra shinydashboard shinyjs,数据。表、图DT, zeallot、excelR shinycssloaders, ggdendro, shinyWidgets, openxlsx,工具,rmarkdown (> = 2.9), knitr (> = 1.33), seqinr,BiocStyle,记录器
进口
链接
建议	testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sangeranalyseR_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	sangeranalyseR_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	sangeranalyseR_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sangeranalyseR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sangeranalyseR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sangeranalyseR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sangeranalyseR/
包下载报告	下载数据