sSNAPPY

DOI:10.18129 / B9.bioc.sSNAPPY

这是发展sSNAPPY的版本;稳定版请参见sSNAPPY．

单样本定向路径扰动分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

RNA-seq数据的单样本通路扰动测试方法。该方法传播基因表达向下基因集拓扑结构的变化，以计算反映潜在变化方向的单样本定向通路摄动分数。摄动评分可用于在个体样本和处理水平上测试通路摄动的显著性。

作者:刘文军[aut, cre]

维护者:刘文君<文君。刘在adelaide.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("sSNAPPY")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sSNAPPY”)

超文本标记语言	R脚本	单样本定向路径扰动分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneSignaling,软件
版本	1.3.3
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	dplyr,magrittr,rlang统计数据,purrr,BiocParallel,石墨,Rcpp,宠物猫,ggplot2,ggraph,igraph,reshape2,org.Hs.eg.db,SummarizedExperiment,刨边机、方法、ggforce,ggnewscale,pheatmap,跑龙套
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	BiocManager,BiocStyle,cowplot,DT,htmltools,knitr,老鸨,rmarkdown,拼写,stringr,testthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://wenjun-liu.github.io/sSNAPPY/
BugReports	https://github.com/Wenjun-Liu/sSNAPPY/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sSNAPPY_1.3.3.tar.gz
Windows二进制	sSNAPPY_1.3.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	sSNAPPY_1.3.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	sSNAPPY_1.3.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sSNAPPY
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sSNAPPY
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sSNAPPY/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sSNAPPY/
软件包下载报告	下载数据