sRACIPE

DOI:10.18129 / B9.bioc.sRACIPE

这是发展sRACIPE版本;稳定的发布版本,请参阅sRACIPE。

系统生物学工具来模拟基因调控电路

Bioconductor版本:发展(3.18)

sRACIPE实现randomization-based基因电路建模的方法。它允许我们研究的影响基因表达噪声和参数变化对任何基因调控电路(GRC)只使用其拓扑结构,并与随机模拟模型的整体动力学参数在不同噪声水平。统计分析生成的基因表达式揭示了盆地不同表型的吸引和稳定状态及其变化与内在和外在的声音。sRACIPE提供了一个整体的照片来评估的影响细胞过程的随机特性和参数变化。

作者:Vivek Kohar (aut (cre)陆,明阳(aut)

维护人员:Vivek Kohar < Vivek。在gmail.com kohar >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sRACIPE”)

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文档

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browseVignettes (“sRACIPE”)

HTML	R脚本	基因调控电路仿真的系统生物学工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GeneTarget,MathematicalBiology,ResearchField,软件,SystemsBiology
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),SummarizedExperiment、方法、Rcpp
进口	ggplot2 reshape2,质量,RColorBrewer、gridExtra visNetwork, gplots, umap, htmlwidgets,S4Vectors,BiocGenerics,统计grDevices跑龙套,图形
链接	Rcpp
建议	knitr,BiocStyle,tinytest rmarkdown doFuture
SystemRequirements
增强了
URL	https://vivekkohar.github.io/sRACIPE/https://github.com/vivekkohar/sRACIPEhttps://geneex.jax.org/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sRACIPE_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	sRACIPE_1.17.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sRACIPE_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sRACIPE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sRACIPE
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sRACIPE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sRACIPE/
包下载报告	下载数据