rmspc

DOI:10.18129 / B9.bioc.rmspc

这是发展rmspc版本;稳定版请参见rmspc．

多样本峰值呼叫

Bioconductor版本:开发(3.17)

rmspc包使用r运行MSPC(多样本峰值调用)软件。对ChIP-seq样本的分析输出许多富集区域(通常称为“峰值”)，每个区域表明蛋白质- dna相互作用或特定的染色质修饰。当分析重复样本时，预计会出现重叠峰。因此，这种重复的证据可以用于局部降低接受峰值所需的最小显著性。MSPC使用来自重复实验的组合证据来评估峰值调用输出，挽救峰值，并减少误报。该方法以任意数量的重复样本作为输入，提高了每个重复样本峰调用的敏感性和特异性，并识别输入样本之间的共识区域。

作者:Vahid Jalili [aut]， Marzia Angela Cremona [aut]， Fernando Palluzzi [aut]， Meriem Bahda [aut, cre]

维护者:Meriem Bahda

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("rmspc")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，DataImport，RNASeq，测序，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	processx，BiocManager，rtracklayer，统计，工具，方法，GenomicRanges，stringr
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	net 5.0
增强了
URL	https://genometric.github.io/MSPC/
BugReports	https://github.com/Genometric/MSPC/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制	rmspc_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	rmspc_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmspc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rmspc
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rmspc/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rmspc/
软件包下载报告	下载数据