rifi

DOI:10.18129 / B9.bioc.rifi

这是发展rifi版本;稳定的发布版本,请参阅rifi。

从利福平rifi的分析数据时间序列由微阵列或RNAseq

Bioconductor版本:发展(3.17)

从利福平rifi的分析数据时间序列由微阵列或RNAseq。“rifi”是一个转录组数据分析工具的整体识别转录和衰变过程有关。衰减常数和延迟发作的衰变是适合每个探测/ bin。随后,探针/箱等属性组合成段通过动态编程,独立于现有的基因组注释。这允许检测记录段不同的稳定在一个带注释的基因或转录事件。除了经典的衰变常数/半衰期分析,“rifi”检测处理网站,转录暂停网站,在操纵子转录起始点的内部网站部分在操纵子转录终止,识别领域的可能的转录的干涉碰撞机制,给出了一个估计的转录速度。所有数据集成给估计连续转录单位,即操纵子。综合表和全基因组的结果的可视化输出和个人适合所有探测/箱。

作者:Loubna Youssar aut,施莱,Walja Wanney aut,施莱,Jens Georg (aut (cre)

维修工:Jens Georg < Jens。在georg biologie.uni-freiburg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rifi”)

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文档

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browseVignettes (“rifi”)

HTML	R脚本	Rifi衰减估计,基于高分辨率微阵列或RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneRegulation,微阵列,RNASeq,回归,软件,转录组
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	车,cowplot,doMC平行,dplyr,蛋,foreach,ggplot2、图形grDevices、网格、方法nls2,nnet,rlang,S4Vectors,尺度统计数据,stringr,SummarizedExperiment,宠物猫,rtracklayer,reshape2,跑龙套
链接
建议	DescTools,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CyanolabFreiburg/rifi
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rifi_1.3.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	rifi_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	rifi_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rifi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rifi
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rifi/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rifi/
包下载报告	下载数据