ribosomeProfilingQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC

这是发展ribosomeProfilingQC版本;稳定的发布版本,请参阅ribosomeProfilingQC。

核糖体分析质量控制

Bioconductor版本:发展(3.16)

Ribo-Seq(也叫核糖体分析或碳足迹)措施translatome(与RNA-Seq序列转录组)的直接量化ribosome-protected片段(rpf)。这个包提供了核糖体的质量评估分析的工具。此外,它可以为随后的微分分析中的Ribo-Seq数据进行预处理。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),玛丽亚·Hoye (aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ribosomeProfilingQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	ribosomeProfilingQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,GeneRegulation,质量控制,RiboSeq,测序,软件,可视化
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL(> = 3) +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),GenomicRanges
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,EDASeq,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,IRanges、方法、motifStack,rtracklayer,Rsamtools,RUVSeq,Rsubread,S4Vectors,XVector,ggplot2,ggfittext,尺度,ggrepel跑龙套,集群、统计数据、图形、网格
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,刨边机,limma,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ribosomeProfilingQC_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	ribosomeProfilingQC_1.9.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	ribosomeProfilingQC_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ribosomeProfilingQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ribosomeProfilingQC/
包下载报告	下载数据