rhdf5

DOI:10.18129 / B9.bioc.rhdf5

这是发展rhdf5版本;稳定版请参见rhdf5．

R HDF5接口

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包提供了HDF5和r之间的接口。HDF5的主要功能是能够通过完全可移植的文件格式在大容量存储(磁盘)上存储和访问非常大和/或复杂的数据集和各种各样的元数据。rhdf5包因此适合于在R和其他软件包之间交换大型和/或复杂的数据集，并允许R应用程序在比可用RAM更大的数据集上工作。

作者:Bernd Fischer [aut]， Mike Smith [aut, cre]，格雷瓜尔·波乌[aut]，马丁·摩根[ctb]，丹尼尔·范·特维斯克[ctb]

维护者:Mike Smith < Mike。史密斯在embl.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("rhdf5")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rhdf5”)

超文本标记语言	R脚本	在云端读取HDF5文件
超文本标记语言	R脚本	rhdf5 -用于R的HDF5接口
超文本标记语言	R脚本	rhdf5实用技巧
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，软件
版本	2.43.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法
进口	Rhdf5lib(> = 1.13.4),rhdf5filters
链接	Rhdf5lib
建议	bit64，BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，微基准测试，dplyr，ggplot2，嘲笑
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/grimbough/rhdf5
BugReports	https://github.com/grimbough/rhdf5/issues
全靠我	GSCA，HDF5Array，HiCBricks，LoomExperiment，MuData，octad
进口我	BayesSpace，BgeeCall，biomformat，bnbc，bsseq，CiteFuse，cmapR，CoGAPS，CopyNumberPlots，CRISPRseek，cTRAP，cytomapper，diffHic，DmelSGI，DropletUtils，epigraHMM，EventPointer，弗雷泽，GenomicScores，gep2pep，h5vc，HiCcompare，HiCDOC，HiContacts，电离，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，MethylSeqData，MOFA2，NxtIRFcore，phantasus，ptairData，ptairMS，PureCN，recountmethylation，ribor，scCB2，司康饼，signatureSearch，signatureSearchData，SpliceWiz，SpotClean，trackViewer
建议我	刨边机，rhdf5filters，SCArray，激流回旋，光谱，SummarizedExperiment，TENxIO，tximport，zellkonverter
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rhdf5_2.43.0.tar.gz
Windows二进制	rhdf5_2.43.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	rhdf5_2.43.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	rhdf5_2.43.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rhdf5
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rhdf5/
软件包下载报告	下载数据