rgsepd

DOI:10.18129 / B9.bioc.rgsepd

这是发展rgsepd版本;稳定的发布版本,请参阅rgsepd。

基因集富集/投影显示

Bioconductor版本:发展(3.14)

R / GSEPD是一个生物信息学计划来帮助消除歧义转录组样品(RNA-Seq数的矩阵记录id)通过自动化微分表达式(DESeq2),然后基因集富集(GOSeq),最后一个n维投影量化方法每个样本就像治疗组。

作者:Stamm卡尔

Stamm维护者:卡尔<卡尔。stamm gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rgsepd”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rgsepd”)

PDF	R脚本	介绍rgsepd包
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0),DESeq2,goseq(> = 1.28)
进口	gplots,biomaRt,org.Hs.eg。db, GO.dbSummarizedExperiment,哈希,AnnotationDbi
链接
建议	引导、工具、BiocGenerics,knitr,xtable
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rgsepd_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	rgsepd_1.25.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	rgsepd_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rgsepd
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rgsepd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rgsepd/
包下载报告	下载数据