rfaRm

DOI:10.18129 / B9.bioc.rfaRm

这是发展rfaRm版本;稳定的发布版本请参见rfaRm。

一个到Rfam数据库的R接口

生物导体版本:开发(3.13)

rfaRm为RNA家族的Rfam数据库提供了一个客户端接口。可以检索的数据包括RNA家族、二级结构图像、协方差模型、每个家族内的序列、对齐导致识别一个家族和二级结构的点括号格式。

作者:Lara Selles Vidal, Rafael Ayala, Guy-Bart Stan, Rodrigo Ledesma-Amaro

维护者:Lara Selles Vidal < Lara。selles12 imperial.ac。uk>， Rafael Ayala

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("rfaRm")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rfaRm”)

超文本标记语言	R脚本	rfaRm
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,FunctionalGenomics,MultipleSequenceAlignment,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本	1.3.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	httr,stringi,rsvg,魔法,data.table,Biostrings跑龙套,房车,xml2,IRanges,S4Vectors
链接
建议	R4RNA,treeio,knitr,BiocStyle,rmarkdown,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	rfaRm_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	rfaRm_1.3.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	rfaRm_1.3.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rfaRm
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rfaRm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rfaRm/
包下载报告	下载数据