rfPred

DOI:10.18129 / B9.bioc.rfPred

这是发展版本的rfPred;稳定版请参见rfPred．

将rfPred功能预测分数分配给missense变量列表

Bioconductor版本:开发(3.17)

基于外部大量的数据文件，其中rfPred评分是在人类外显子组的所有基因组位置上预先计算的，该软件包为染色体识别的错义变体、位置(hg19版本)、参考和替代核苷酸以及蛋白质的单核苷酸标识符提供rfPred评分。注意，要使用这个包，用户必须下载TabixFile和索引(大约3.3 Go)。

作者:Fabienne Jabot-Hanin, Hugo Varet和Jean-Philippe Jais

维护者:Hugo Varet

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("rfPred")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rfPred”)

PDF	R脚本	CalculatingrfPredscoreswithpackagerfPred
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，分类，软件
版本	1.37.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL (>=2)
取决于	R(>= 3.5.0)，方法
进口	跑龙套,GenomeInfoDb，data.table，IRanges，GenomicRanges平行,Rsamtools
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rfPred_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	rfPred_1.37.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	rfPred_1.37.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	rfPred_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rfPred
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rfPred
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rfPred/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rfPred/
软件包下载报告	下载数据