regutools

DOI:10.18129 / B9.bioc.regutools

这是发展regutools版本;稳定的发布版本,请参阅regutools。

regutools: R包从RegulonDB数据提取

Bioconductor版本:发展(3.16)

RegulonDB收集,统一和集中数百实验近20年来的数据,被认为是一个的参考点在大肠杆菌K12的转录调控。在这里,我们现在regutools R包,以方便编程访问RegulonDB计算生物学中的数据。regutools为研究人员提供了写作的可能性可再生的工作流与RegulonDB自动查询。regutools包之间充当桥梁RegulonDB数据和Bioconductor生态系统通过重用的数据结构和统计方法由其他Bioconductor包。我们将演示的集成与Bioconductor regutools通过分析DNA转录因子结合位点从RegulonDB和转录调控网络。我们预料regutools将成为一个有用的构建块在我们进步,进一步了解基因调控网络。

作者:Joselyn查韦斯(aut (cre)《布兰诗歌Barberena-Jonas (aut),耶稣大肠Sotelo-Fonseca (aut)何塞•Alquicira-Hernandez(施),Heladia萨尔加多(施)列奥纳多·达·芬奇Collado-Torres (aut)- - -亚历杭德罗•雷耶斯(aut)

维护人员:Joselyn查韦斯< joselynchavezf gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“regutools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“regutools”)

HTML	R脚本	regutools: R包从RegulonDB数据提取
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,网络,NetworkInference,软件,SystemsBiology,转录,可视化
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	AnnotationDbi,AnnotationHub,Biostrings,DBI,GenomicRanges,Gviz,IRanges,RCy3,RSQLite,S4Vectors、方法、统计跑龙套,BiocFileCache
链接
建议	BiocStyle,knitr,RefManageR,rmarkdown,sessioninfo,testthat(> =魅惑,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComunidadBioInfo/regutools
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regutools
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	regutools_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	regutools_1.9.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	regutools_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regutools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ regutools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regutools/
包下载报告	下载数据