regsplice

DOI:10.18129 / B9.bioc.regsplice

这是发展regsplice的版本;稳定版请参见regsplice．

基于l1正则化的差分拼接检测方法

Bioconductor版本:开发(3.16)

在RNA-seq和外显子微阵列数据中检测差异剪接(差异外显子使用)的统计方法，使用l1正则化(套索)来提高功率。

作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("regsplice")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“regsplice”)

超文本标记语言	R脚本	regsplice工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，ExonArray，ExperimentalDesign，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	glmnet，SummarizedExperiment，S4Vectors，limma，刨边机统计数据,pbapply， utils，方法
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/regsplice
BugReports	https://github.com/lmweber/regsplice/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	regsplice_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	regsplice_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	regsplice_1.23.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regsplice
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/regsplice
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regsplice/
软件包下载报告	下载数据