regioneReloaded

DOI:10.18129 / B9.bioc.regioneReloaded

这是发展regioneReloaded版本;稳定的发布版本,请参阅regioneReloaded。

RegioneReloaded:多个基因组协会地区集

Bioconductor版本:发展(3.18)

RegioneReloaded是一个包,允许同时分析基因组区域集之间的联系,使聚类的数据和待发表的图表的创建。它接管,扩展了其前任的所有功能区域。它还集成了一个策略来改善假定值计算和正常化z得分来自多个分析允许直接比较。RegioneReloaded以地区为基础通过添加新的绘图函数获取publication-ready图表。

作者:罗伯特Malinverni (aut (cre)大卫·Corujo (aut) Bernat凝胶(aut)

维修工:罗伯特Malinverni <罗伯托。在gmail.com malinverni >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“regioneReloaded”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“regioneReloaded”)

HTML	R脚本	regioneReloaded
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,聚类,CopyNumberVariation,DNASeq,遗传学,MethylSeq,MultipleComparison,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2),地区
进口	统计,RColorBrewer、Rtsne umap、ggplot2 ggrepel, reshape2,方法、尺度、集群、网格、grDevices
链接
建议	rmarkdown,BiocStyle,GenomeInfoDb、knitr testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RMalinverni/regioneReload
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	regioneReloaded_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	regioneReloaded_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	regioneReloaded_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	regioneReloaded_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneReloaded
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ regioneReloaded
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/regioneReloaded/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regioneReloaded/
包下载报告	下载数据