补偿

doi：10.18129/b9.bioc.recoup

这是发展recoup的版本；对于稳定版本，请参阅补偿。

用于创建复杂基因组概况图的R包装

生物导体版本：开发（3.16）

recoup计算和图由从下一代测序技术得出的短序列读取创建的信号曲线。所提供的轮廓要么是Sumarized曲线轮廓或热图轮廓。当前，Recoup支持基因组概况图，用于从CHIP-SEQ和RNA-SEQ实验中得出的读取。该软件包分别使用ggplot2和复杂的图形图形设施来分别用于曲线和热图覆盖率。

作者：panagiotis moulos

维护者：panagiotis moulos

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ recoup”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ recoup”）

html	R脚本	收回包的简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，结盟，，，，chipseq，，，，芯片奇普，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.25.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 4.0.0），基因组机，，，，基因组签名，，，，GGPLOT2，，，，复杂的图像
进口	生物基因，，，，Biomart，，，，生物弦，，，，循环，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，图形，grdevices，httr，，，，iranges，方法，并行，rsqlite，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS，统计Stringr，UTILS
链接
建议	网格，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，动物园，，，，运行，，，，生物管理器，，，，BSGENOME，，，，rmysql
系统要求
增强
URL	https://github.com/pmoulos/recoup
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	recoup_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	recoup_1.25.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	recoup_1.25.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/recoup
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/recoup/
软件包下载报告	下载统计