recountmethylation

DOI:10.18129 / B9.bioc.recountmethylation

这是发展recountmethylation版本;稳定的发布版本,请参阅recountmethylation。

访问和分析公共DNA甲基化数组数据编译

Bioconductor版本:发展(3.17)

资源公共DNAm cross-study分析从NCBI GEO回购数组数据,使用Illumina公司生产的英飞纳姆HumanMethylation450K (HM450K)和MethylationEPIC (EPIC)平台。提供功能支持下载、总结和过滤大量编译文件。小插曲详细背景文件格式,例子分析,等等。注意免责声明包负载和咨询的主要手稿进一步信息。

作者:肖恩·K马登(cre, aut),布莱恩·沃尔什(aut),凯尔Ellrott (aut)Kasper D汉森(aut)里德F·汤普森(aut)因此Nellore (aut)

维修工:肖恩·K马登<马登在ohsu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“recountmethylation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“recountmethylation”)

HTML	R脚本	数据分析
HTML	R脚本	确定人口祖先从DNAm数组
HTML	R脚本	最近的邻居分析DNAm数组
HTML	R脚本	权力分析DNAm数组
HTML	R脚本	recountmethylation用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,表观遗传学,ExperimentHub,MethylationArray,微阵列,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	minfi,HDF5Array,rhdf5,S4Vectors、跑龙套、方法RCurl,R.utils,BiocFileCache,IlluminaHumanMethylation450kmanifest
链接
建议	knitr,testthat,ggplot2,gridExtra,rmarkdown,BiocStyle,GenomicRanges,limma,ExperimentHub,AnnotationHub
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/metamaden/recountmethylation
BugReports	https://github.com/metamaden/recountmethylation/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	recountmethylation_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	recountmethylation_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	recountmethylation_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	recountmethylation_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountmethylation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recountmethylation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/recountmethylation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountmethylation/
包下载报告	下载数据