叙事

DOI：10.18129 / b9.bioc.recount.

这是发展重新计算的版本;对于稳定的版本版本，请参阅叙事。

从Regount项目探索和下载数据

Bioconductor版本：开发（3.13）

从HTTPS://jhubioStatistics.shinyapps.io/Recount/中浏览并下载Regount项目中的数据。使用Regount包，您可以在基因，外显子或外显子连接水平，原始计数，所用的表型元数据中下载RangedSummarizedopperiment对象，所用的表型元数据，样本覆盖的URL Bigwig文件或特定研究的平均覆盖Bigwig文件。不同的包可以使用不同的包来执行差异表达分析。使用http://biocidodder.org/packages/derfinder您可以按照http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full的说明执行注释 - 不可知差异表达式分析。/nbt.3838.html。

作者：Leonardo Collado-Torres [Aut，CRE]，Abhinav Nellore [CTB]，Andrew E. Jaffe [CTB]，Margaret A. Taub [CTB]，Kai Kammers [CTB]，Shannon E. Ellis [CTB]，Kasper Daniel Hansen [CTB]，Ben Langmead [CTB]，Jeffrey T. Leek [Aut，THS]

维护者：Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager :: Install（“Revount”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“REGOUNT”）

HTML.	r script.	基本的Deseq2结​​果探索
HTML.	r script.	重新计算快速入门指南
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	覆盖范围那DataImport.那不同的亚兴那基因表达那免疫学那rnaseq.那测序那软件
版本	1.17.5
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（4.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.3.0），概括分析
进口	生物相投那德内捷德那下载那地理曲线那Genomeinfodb.那Genomicranges.那绞喉， 方法，rcurl.那伦敦那rtracklayer.（> = 1.35.3），S4Vectors.，统计，utils
链接到
建议	annotationdbi.那Biocmanager.那生物焦（> = 2.5.19），deseq2.那sessioninfo.那ensdb.hsapiens.v79那基因组法那kn（> = 1.6），org.hs.eg.db.那refmanager.那RegionReport.（> = 1.9.4），RAMAMAMDOW.（> = 0.9.5），testthat.（> = 2.1.0），Covr.那Pheatmap.那DT.那edger.那ggplot2.那rcolorbrewer.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/leekgroup/recount.
Bugreports.	https://support.biocumon.org/t/recounter/
取决于我
进口我	psichomics.那revountworkflow.那rnaagecalc.
建议我	司布那追叙3.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	reyount_1.17.5.tar.gz.
Windows二进制文件	reyount_1.17.5.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	reyount_1.17.5.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/recount.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/重新计
包短网址	https://biocumon.org/packages/recount/
包裹下载报告	下载统计信息