rcellminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rcellminer

这是发展rcellminer版本;稳定的发布版本,请参阅rcellminer。

rcellminer:分子资料、药物反应和化学结构NCI-60细胞系

Bioconductor版本:发展(3.18)

NCI-60癌症细胞系面板已经使用在过去的几十年里作为抗癌药物的屏幕。这个小组开发作为发展治疗计划的一部分(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的美国国家癌症研究所(NCI)。NCI-60数以千计的化合物已经被测试,已广泛的许多基因和蛋白质表达平台,拷贝数,突变,和其他人(莱因霍尔德,et al ., 2012)。CellMiner项目的目的(http://discover.nci.nih.gov/ CellMiner)集成来自多个平台的数据用于分析NCI-60和提供一个强大的工具来探索NCI-60套件的数据。

作者:奥古斯汀卢娜,Vinodh拉贾帕克萨法苏萨

维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >, < Vinodh Vinodh拉贾帕克萨。拉贾帕克萨在nih.gov >, < Fathi Fathi Elloumi。在nih.gov elloumi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rcellminer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	使用rcellminer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,Cheminformatics,CopyNumberVariation,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件,SystemsBiology,可视化,aCGH,microrna的
版本	2.23.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	LGPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.2),Biobase,rcellminerData(> = 2.0.0)
进口	stringr、gplots ggplot2、方法、属性、跑龙套,闪亮的
链接
建议	knitr、RColorBrewer sqldf,BiocGenericstestthat,BiocStylejsonlite热图,glmnet、foreach doSNOW,平行,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://discover.nci.nih.gov/cellminer/
取决于我
进口我
建议我	rcellminerData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rcellminer_2.23.0.tar.gz
Windows二进制	rcellminer_2.23.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	rcellminer_2.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)	rcellminer_2.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcellminer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rcellminer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rcellminer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcellminer/
包下载报告	下载数据