拉姆瓦斯

doi：10.18129/b9.bioc.ramwas

这是发展Ramwas的版本；对于稳定版本，请参阅拉姆瓦斯。

富含甲基团的快速甲基团协会研究管道富集平台

生物导体版本：开发（3.16）

全甲基团关联研究（MWAS）的完整工具集。它是专门为基于富集的甲基化测定的数据而设计的，但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤：（1）扫描BAM文件的扫描对齐的读取，（2）计算质量控制度量，（3）创建甲基化评分（覆盖范围）矩阵，（4）用于捕获批处理效果和检测的主要成分分析在离群值中，（5）在校正顶级PC和已知协变量的同时，（6）重大发现的注释以及（7）使用弹性网的多标记分析（甲基化风险评分）的关联分析。此外，Ramwas还包括用于甲基化和基因型数据联合分析的工具。这项工作发表在生物信息学上，Shabalin等。（2018） 。

作者：Andrey A Shabalin [AUT，CRE]，Shaunna L Clark [aut]，Mohammad W Hattab [aut]，Karolina A Aberg [aut]，Edwin J C G Van Den Oord [aut]

维护者：gmail.com上的安德烈（Andrey）shabalin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ ramwas”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Ramwas”）

html	R脚本	1.概述
html	R脚本	2. CPG集
html	R脚本	3. BAM质量控制措施
html	R脚本	4.甲基化和基因型数据的联合分析
html	R脚本	5.A.分析Illumina甲基化阵列数据
html	R脚本	5.C.分析来自其他来源的数据
html	R脚本	6. RAMWAS参数
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	批处理效应，，，，覆盖范围，，，，DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，正常化，，，，预处理，，，，委托人，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.3.0），方法，Filematrix
进口	图形，统计，utils，消化，，，，Glmnet，，，，克恩斯门茶，grdevices，基因组签名，，，，rsamtools， 平行，Biomart，，，，生物弦，，，，生物基因
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，潘德，，，，生物使用，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
BugReports	https://github.com/andreyshabalin/ramwas/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ramwas_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	ramwas_1.21.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	ramwas_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramwas
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ramwas
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
软件包下载报告	下载统计