ramr

DOI:10.18129 / B9.bioc.ramr

这是发展ramr版本;稳定的发布版本,请参阅ramr。

发现罕见的异常甲基化区域数组和门店数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

ramr R包检测低频异常甲基化发生在大型数据集得到的甲基化分析亚硫酸氢使用数组或高通量测序。此外,包提供函数可视化发现异常甲基化区域(AMR),产生的所有可能的地区作为参考集富集分析,并生成生物相关测试数据集AMR / DMR搜索算法的性能评估。

作者:Oleksii Nikolaienko (aut (cre)

维护人员:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。在gmail.com nikolaienko >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ramr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ramr”)

HTML	R脚本	ramr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,MethylSeq,MethylationArray,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),GenomicRangesdoRNG,, doParallel并行foreach方法
进口	IRanges,BiocGenerics,reshape2 ggplot2 EnvStats、ExtDist matrixStats,S4Vectors
链接
建议	RUnit、knitr rmarkdown gridExtra,annotatr,萝拉,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BBCG/ramr
BugReports	https://github.com/BBCG/ramr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ramr_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	ramr_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ramr_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ramr_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ramr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ramr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramr/
包下载报告	下载数据