rGREAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGREAT

这是发展rGREAT版本;稳定的发布版本,请参阅rGREAT。

伟大的——功能富集分析基因组区域

Bioconductor版本:发展(3.16)

(基因组区域浓缩的注释工具)是一种直接进行功能富集分析基因组区域。这个包实现了伟大的算法(当地的分析),也支持直接互动与伟大的web服务(在线的分析)。分析都可以被一个闪亮的应用程序。

作者:Zuguang顾

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rGREAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rGREAT”)

HTML	R脚本	1。分析与在线好
HTML	R脚本	2。分析与当地大
HTML		3所示。其他文件
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,去,GeneSetEnrichment,GenomeAnnotation,通路,测序,软件,WholeGenome
版本	1.99.5
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),GenomicRanges,IRanges、方法
进口	图形,rjson,GetoptLong(> = 0.0.9),RCurl,跑龙套,统计数据,GlobalOptions,闪亮的,DT,GenomicFeatures,消化,GO.db,进步,circlize,AnnotationDbi,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Hs.eg.db,RColorBrewer,S4Vectors,GenomeInfoDb
链接
建议	testthat(> = 0.3),knitr,rmarkdown,BiocManager,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/rGREAThttp://great.stanford.edu/public/html/
取决于我
进口我	profileplyr
建议我	TADCompare
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rGREAT_1.99.5.tar.gz
Windows二进制	rGREAT_1.99.2.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	rGREAT_1.99.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGREAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rGREAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rGREAT/
包下载报告	下载数据