- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- rGADEM(开发版)
rGADEM
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DOI:10.18129 / B9.bioc.rGADEM
这是发展rGADEM版本;稳定的发布版本,请参阅rGADEM。
新创主题发现
Bioconductor版本:发展(3.17)
rGADEM是一种有效的新创主题发现大规模基因组序列数据的工具。它是一个开源R包,它是基于GADEM软件。
作者:Arnaud所有权,拉斐尔Gottardo戈登·罗伯逊和莱普
维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。所有权在crchuq.ulaval.ca >
从内部引用(R,回车引用(“rGADEM”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rGADEM”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“rGADEM”)
| R脚本 | rGADEM用户指南 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,ChIPchip,微阵列,MotifDiscovery,测序,软件 |
| 版本 | 2.47.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.6 (r - 2.11)(13岁) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 2.11.0),Biostrings,IRanges,BSgenome、方法、seqLogo |
| 进口 | Biostrings,GenomicRanges、方法、图形seqLogo |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,rtracklayer |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | TCGAWorkflow |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | rGADEM_2.47.0.tar.gz |
| Windows二进制 | rGADEM_2.47.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | rGADEM_2.47.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | rGADEM_2.47.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGADEM |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rGADEM |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/rGADEM/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/rGADEM/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
