RCGH
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doi：10.18129/b9.bioc.rcgh
这是发展RCGH的版本；对于稳定版本，请参阅RCGH。
用于分析和可视化基于阵列的CGH数据的综合管道
生物导体版本：开发（3.16）
通过商业或自定义ACGH阵列生成的全面分析和交互式可视化基因组轮廓的综合管道。作为输入，RCGH支持Agilent双色特征提取文件（.txt），从44到400K，Affymetrix snp6.0和cytoscanhd propeset.txt，cychp.txt和cnchp.txt文件从CHAS或Affymetrix Power Tools导出。RCGH还支持自定义阵列，前提是数据符合预期格式。该软件包接管了单个基因组概况分析所需的所有步骤，从读取文件到分割分割和基因注释。该软件包还提供了几个可视化功能（静态或交互式），以促进单个配置文件的解释。输入文件可以是压缩格式的，例如.bz2或.gz。
作者：弗雷德里克·普通（Frederic Commo）[AUT，CRE]
维护者：frederic commo
引用（从r内，输入引用（“ RCGH”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ rcgh”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ RCGH”）
| R脚本 | 使用RCGH软件包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，特征提取，，，，预处理，，，，软件，，，，ACGH |
| 版本 | 1.27.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（7年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.4），方法，统计，utils，图形 |
| 进口 | plyr，，，，DNACOPIGY，，，，格子，，，，GGPLOT2， 网格，闪亮的（> = 0.11.1），林玛，，，，副词，，，，mclust，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，org.hs.eg.db，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，AnnotationDbi， 平行，iranges，grdevices，ACGH |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，生物基因，，，，运行 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/fredcommo/rcgh |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Precisetad |
| 建议我 | 排除 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rcgh_1.27.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RCGH_1.27.0.ZIP（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | rcgh_1.27.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcgh |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcgh |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rcgh/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
