- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- r3Cseq(开发版)
r3Cseq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq
这是发展r3Cseq版本;稳定的发布版本,请参阅r3Cseq。
分析染色体构象捕获和下一代测序(3 c-seq)
Bioconductor版本:发展(3.16)
这个包是用于远程染色质交互的分析从3 c-seq化验。
作者:Supat Thongjuea, MRC WIMM计算生物学中心,因此分子医学研究所、英国牛津大学< Supat。在imm.ox.ac.uk thongjuea >
维护人员:Supat Thongjuea < Supat。在imm.ox.ac.uk thongjuea >or
从内部引用(R,回车引用(“r3Cseq”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“r3Cseq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“r3Cseq”)
| R脚本 | r3Cseq | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 预处理,测序,软件 |
| 版本 | 1.43.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | GenomicRanges,Rsamtools,rtracklayer,VGAM,qvalue |
| 进口 | 方法,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings,data.table,sqldf,RColorBrewer |
| 链接 | |
| 建议 | BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://r3cseq.genereg.nethttps://github.com/supatt-lab/r3Cseq/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | r3Cseq_1.43.0.tar.gz |
| Windows二进制 | r3Cseq_1.43.0.zip(64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | r3Cseq_1.43.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ r3Cseq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/r3Cseq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
