QUusage.

DOI：10.18129 / b9.bioc.qusage.

这是发展QUusage的版本;对于稳定的版本版本，请参阅QUusage.。

QUusage：基因表达的定量集分析

Bioconductor版本：开发（3.13）

该包装是（Yaari G.等人，2013）中描述的基因表达（QUusage）方法的定量设定分析的实现。这是一种新型基因集富集型测试，旨在提供更快，更准确，更容易理解基因表达研究的测试。QUusage使用Wu等人提出的差异通胀因子技术的基因间相关性。（核酸RES，2012）。另外，不是简单地评估与单个数字（P值）的零假设的偏差，qUusage通过完整的概率密度函数（PDF）来定量基因集活动。从该PDF，可以容易地提取p值和置信区间。保留PDF还允许HOC分析（例如，基因集活动的成对比较），同时保持统计可追溯性。最后，虽然QUusage与现有方法（例如，Limma）的单个基因统计数据兼容，但是实施了基于Welch的方法，其被示出了改善特异性。QUusage封装还包括混合效果模型实现，如（Turner Ja等，BMC Bioinformatics，2015）中所述，以及如（Meng H，Et Al.plos Comput Biol.2009）中所述的元分析框架。有关问题，请联系Chris Bolen（Cbolen1@Gmail.com）或Steven Kleinstein（Steven.kleinstein@yale.edu）

作者：Christopher Bolen and Gur Yaari，juilee thakar，海隆猛，雅各布特纳，Derek Blankenship和Steven Kleinstein的贡献

维护者：Christopher Bolen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmanage（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的用法（版本='devel'）biocmanager ::安装（“quusage”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“QUSAGE”）

PDF.	r script.	跑qusage.
PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	GenesetenRichment.那免疫学那微阵列那rnaseq.那软件
版本	2.25.0
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 2.10），林马（> = 3.14），方法
进口	Utils，BioBase.那nlme.那emmeans.那FFTW.
链接到
建议
系统要求
加强
URL.	http://clip.med.yale.edu/qusage.
取决于我	drinsight.
进口我	Mexplorer.
建议我	sigcheck.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	quusage_2.25.0.tar.gz.
Windows二进制文件	quusage_2.25.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	quusage_2.25.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/qusage.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ qusage
包短网址	https://biocumon.org/packages/qusage/
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