QSEA.

DOI：10.18129 / b9.bioc.qsea

这是发展QSEA的版本;对于稳定的版本版本，请参阅QSEA.。

IP-SEQ数据分析和Vizualization

Bioconducts版本：开发（3.14）

QSEA（定量测序富集分析）被开发为常见型包装的继任者，用于分析衍生自甲基化DNA免疫沉淀（MedIP）实验的数据，然后进行测序（Medip-SEQ）。然而，QSEA提供了几种功能，用于分析其他类型的定量测序数据（例如芯片-SEQ，MBD-SEQ，CMS-SEQ，CMS-SEQ和其他），包括计算样品组之间的差异富集。

作者：Matthias Lienhard，Lukas Chavez，Ralf Herwig

维护者：Matthias Lienhard

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“qsea”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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BROWSEVIGNETTES（“QSEA”）

HTML.	r script.	QSEA.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	chipseq.那chipononchip.那复印机那CPGISLAND那德甲基化那差分甲基化那正常化那预处理那QualityControl.那测序那软件那可视化
版本	1.19.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.4（R-3.3）（4.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.5）
进口	生物仪器，图形，GTOOLS.，方法，统计数据，utils，hmmcopy.那rtracklayer.那bsgenome.那Genomicranges.那RSAMTOOLS.那绞喉那林马那Genomeinfodb.那生物根系，grdevices，动物园那生物相投那kernsmooth.那大量的
链接到
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，medipsdata，testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那Biocmanager.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

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源包	QSEA_1.19.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	QSEA_1.19.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/qsea.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ QSEA
包短网址	https://biocumon.org/packages/qsea/
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