qpgraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.qpgraph

这是发展qpgraph版本;稳定的发布版本请参见qpgraph。

从高通量基因组数据估算遗传和分子调控网络

生物导体版本:开发(3.13)

从高通量表达和基因分型分析中估计基因和eQTL网络。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Alberto Roverato [aut]

维护者:Robert Castelo < Robert。在upf.edu castelo >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("qpgraph")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“qpgraph”)

PDF		BasicUsersGuide.pdf
PDF	R脚本	利用qpgraph估计eQTL网络
PDF	R脚本	利用qpgraph对转录调控网络进行逆向工程
PDF	R脚本	利用qpgraph模拟分子调控网络
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,GraphAndNetwork,微阵列,NetworkInference,通路,单核苷酸多态性,软件,转录
版本	2.25.9
Bioconductor自	BioC 2.4 (R-2.9)(12年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5)
进口	方法、并行矩阵(> = 1.0)、网格注释,图(> = 1.45.1),Biobase,S4Vectors,BiocParallel,AnnotationDbi,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,mvtnorm,qtl,Rgraphviz
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,genefilter,org.EcK12.eg.db,rlecuyer,雪,类别,GOstats
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/qpgraph
BugReports	https://github.com/rcastelo/rcastelo/issues
取决于我
进口我	限幅器
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	qpgraph_2.25.9.tar.gz
Windows二进制	qpgraph_2.25.9.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	qpgraph_2.25.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qpgraph
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qpgraph
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qpgraph/
包下载报告	下载数据