qmtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.qmtools

这是发展qmtools版本;稳定的发布版本,请参阅qmtools。

定量代谢组学数据处理工具

Bioconductor版本:发展(3.17)

qmtools(定量代谢组学工具)包提供了基本的工具来处理定量代谢组学数据与标准SummarizedExperiment类。这包括功能归责,规范化,过滤功能,功能集群、降维,可视化帮助用户准备的数据统计分析。几个函数在这个包也可以用于其他类型的组学数据。

作者:Jaehyun Joo (aut (cre),布兰卡为了(aut)

维护人员:Jaehyun Joo < jaehyunjoo outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“qmtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“qmtools”)

HTML	R脚本	定量代谢组学数据处理
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,MassSpectrometry,代谢组学,归一化,预处理,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),SummarizedExperiment
进口	rlang,ggplot2,拼接而成,的热图、方法、MsCoreUtils统计数据,igraph,VIM,尺度、grDevices、图形
链接
建议	limma,Rtsne,missForest,vsn,pcaMethods,请,MsFeatures,嫁祸于,imputeLCMD,nlme,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HimesGroup/qmtools
BugReports	https://github.com/HimesGroup/qmtools/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	qmtools_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	qmtools_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	qmtools_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	qmtools_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qmtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qmtools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/qmtools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qmtools/
包下载报告	下载数据