这是发展qckitfastq版本;稳定的发布版本,请参阅qckitfastq。
Bioconductor版本:发展(3.18)
评估FASTQ文件格式与多个指标包括质量分数、序列的内容,过多和Kmers序列。
作者:Wenyue兴(aut),光(aut (cre) 8月
维修工:8月广< 8月。光在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“qckitfastq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“qckitfastq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“qckitfastq”)
R脚本 | 使用qckitfastq质量控制分析和可视化 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 质量控制,测序,软件 |
版本 | 1.17.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(4年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | |
进口 | magrittr、ggplot2 dplyr,seqTools,zlibbioc、数据。表、reshape2 grDevices、图形数据,跑龙套,Rcpp, rlang,RSeqAn |
链接 | Rcpp,RSeqAn |
建议 | knitr、rmarkdown kableExtra testthat |
SystemRequirements | GNU使 |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | qckitfastq_1.17.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS二进制(x86_64) | qckitfastq_1.17.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | qckitfastq_1.17.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qckitfastq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qckitfastq |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/qckitfastq/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/qckitfastq/ |
包下载报告 | 下载数据 |