pwOmics

DOI:10.18129 / B9.bioc.pwOmics

这是发展pwOmics版本;稳定版请参见pwOmics．

基于路径的组学数据集成

Bioconductor版本:开发(3.16)

pwOmics基于预先分析的用户指定的差异基因/转录本和磷酸化蛋白列表，对匹配组学数据集进行基于路径的特定水平数据比较。磷酸蛋白组学数据的单独下游分析，包括通路鉴定、转录因子鉴定和靶基因鉴定，与上游分析相反，上游分析以基因或转录本信息为基础，以鉴定上游转录因子和潜在的蛋白质组学调控因子。跨平台对比分析，可以对单时间点实验和时间序列实验进行综合分析，为数据整合提供静态和动态分析工具。此外，它还提供了基于数据集成识别单个信令轴的功能。

作者:Astrid Wachter

维护者:Maren Sitte

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("pwOmics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSignaling，GeneTarget，软件，SystemsBiology，转录
版本	1.29.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.2)
进口	data.table，rBiopaxParser，igraph，STRINGdb、图形、gplots，Biobase，BiocGenerics，AnnotationDbi，biomaRt，AnnotationHub，GenomicRanges，图， grDevices, stats, utils
链接
建议	ebdbNet，纵向，Mfuzz
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pwOmics_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	pwOmics_1.29.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pwOmics_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwOmics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pwOmics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pwOmics/
软件包下载报告	下载数据