pvca

DOI:10.18129 / B9.bioc.pvca

这是发展pvca版本;稳定的发布版本,请参阅pvca。

主方差分量分析(PVCA)

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包包含函数来评估批源头通过拟合所有的“源”作为随机效应包括双向互动方面的混合模型(取决于lme4包)选定的主成分,获得原始数据相关矩阵。这个包伴随着这本书“批量效应和噪声在微阵列试验,第12章。

作者:皮埃尔蒲式耳<蒲式耳niehs.nih.gov >

维护人员:李将鹰< li11在niehs.nih.gov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(pvca)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (pvca)

PDF	R脚本	批处理效应估计在微阵列数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect,微阵列,软件
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10.5年)
许可证	LGPL (> = 2.0)
取决于	R (> = 2.15.1)
进口	矩阵,Biobase,vsn统计,lme4
链接
建议	golubEsets
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	ExpressionNormalizationWorkflow
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pvca_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	pvca_1.41.0.zip
macOS二进制(x86_64)	pvca_1.41.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pvca
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pvca
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pvca/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pvca/
包下载报告	下载数据