ptairMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ptairMS

这是发展ptairMS版本;稳定的发布版本,请参阅ptairMS。

预处理PTR-TOF-MS数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个方案实现了一套方法预处理数据从PTR-TOF-MS仪器(HDF5格式)并生成的样本特征表的峰值强度除了样本和特征元数据(如一个ExpressionSet对象为后续统计分析)。这个包还允许有用工具军团管理逐步分析数据,可视化工具和质量控制。到期的步骤包括校准、检测、峰值检测和量化,功能定位,缺失值归责和功能注释。应用程序能够呼出空气和细胞培养在顶部空间中描述小插曲和例子。这个包是用于数据分析Gassin Delyle研究成年人接受侵入性机械通气在重症监护室由于严重COVID-19或non-COVID-19急性呼吸窘迫综合征(ARDS),并允许identfy四potentiel biomarquers的感染。

作者:卡米尔Roquencourt (aut (cre)

维护人员:卡米尔Roquencourt <卡米尔。在hotmail.fr roquencourt >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ptairMS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ptairMS”)

HTML	R脚本	ptaiMS: PTR-TOF-MS数据的处理和分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MassSpectrometry,代谢组学,PeakDetection,预处理,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Biobase,bit64,时间,data.table,doParallel,DT,enviPat,foreach,ggplot2、图形、grDevicesggpubr,gridExtra,Hmisc、方法、minpack.lm,MSnbase平行,情节,rhdf5,rlang,Rcpp,闪亮的,shinyscreenshot,信号,尺度统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> =魅惑,ptairData,ropls
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/camilleroquencourt/ptairMS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ptairMS_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	ptairMS_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ptairMS_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ptairMS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ptairMS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ptairMS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ptairMS/
包下载报告	下载数据