- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- proteasy(开发版)
proteasy
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DOI:10.18129 / B9.bioc.proteasy
这是发展proteasy版本;稳定的发布版本,请参阅proteasy。
蛋白酶映射
Bioconductor版本:发展(3.17)
检索实验推导出蛋白酶和乳沟的数据来源于MEROPS数据库。Proteasy包含映射的功能肽末端已知地点蛋白酶裂解。这个包也可以快速查找已知的基板基于列表(潜在)蛋白酶,反之亦然——查找蛋白酶基于基质的列表。
作者:马丁Ryden (aut (cre)
维护人员:马丁Ryden <马丁。在med.lu.se ryden >
从内部引用(R,回车引用(“proteasy”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“proteasy”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“proteasy”)
| HTML | R脚本 | 使用proteasy检索和分析蛋白酶数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BiomedicalInformatics,FunctionalGenomics,蛋白质组学,软件 |
| 版本 | 1.1.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 4.2.0) |
| 进口 | data.table,stringr,ensembldb,AnnotationFilter,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v79,EnsDb.Rnorvegicus.v79,Rcpi、方法、跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,igraph,ComplexHeatmap,冬青 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/martinry/proteasy |
| BugReports | https://github.com/martinry/proteasy/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | proteasy_1.1.0.tar.gz |
| Windows二进制 | proteasy_1.1.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | proteasy_1.1.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | proteasy_1.1.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proteasy |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proteasy |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/proteasy/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/proteasy/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
