profflewlactiple.

DOI：10.18129 / b9.bioc.profileplyr.

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通过Profilewlyr的基因组范围内读取信号的可视化和注释

Bioconducts版本：开发（3.14）

通过基因组间隔的读信号的快速和直接可视化是用于从排序数据集产生假设的键（例如，芯片-SEQ，ATAC-SEQ，亚硫酸氢盐/甲基SEQ）。R和Biocumon的内部和外部的许多工具都可探索这些类型的数据，并且通常以BigWig或BAM文件开始，并以一些表示信号（例如Heatmap）结束。配置文件利用许多生物导体工具来允许在以读取信号的可视化结束的工作流程中的灵活性和附加功能。

作者：汤姆卡罗尔和道格巴尔

维护者：汤姆卡罗尔 Doug Barrows

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmanage（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager :: install（“profilewlactr”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	通过Profilewlyr的基因组范围内读取信号的可视化和注释
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文本		消息

细节

Biocviews.	chipseq.那chipononchip.那覆盖范围那DataImport.那测序那软件
版本	1.9.0
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL（> = 3）
依靠	r（> = 3.6），生物根系那概括分析
进口	Genomicranges.，统计，Soggi.，方法，实用程序，S4Vectors.那R.utils.那dplyr.那Magrittr.那Tidyr.那绞喉那rjson.那Chipseeker.那基因组法，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.kknowngene，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene，txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene，org.hs.hs.hs.eg.db，org.mm.eg.db，r那Pheatmap.那ggplot2.那enroichedheatmap.那ComplexHeatMap.， 网格，盘旋那生物相投那rtracklayer.那Genomeinfodb.，grdevices，rlang.那开罗那TIFF
链接到
建议	生物焦那testthat.那kn那RAMAMAMDOW.那PNG.那RSAMTOOLS.
系统要求
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建议我
链接给我
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包档案包

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源包	profilewlyr_1.9.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	profilewlyr_1.9.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/profileplyr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/档案版
包短网址	https://biocumon.org/packages/profileplyr/
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