proFIA

DOI:10.18129 / B9.bioc.proFIA

这是发展proFIA版本;稳定版请参见proFIA．

FIA-HRMS数据预处理

Bioconductor版本:开发(3.16)

流动注射分析结合高分辨率质谱是一种有前途的高通量代谢组学方法。然而，FIA- HRMS数据不能用现有的依赖液相色谱分离的软件工具进行预处理，也不能只处理低分辨率的数据。在这里，我们提出了proFIA包，它实现了一种新的方法来预处理FIA-HRMS原始数据(netCDF, mzData, mzXML和mzML)，包括噪声建模和注入峰值重建，并生成峰值表。该工作流程包括噪声建模、波段检测和滤波、信号匹配和缺失值填充。然后可以将峰值表导出为.tsv文件以供进一步分析。评估数据和信号质量的可视化很容易产生。

作者:Alexis Delabriere和Etienne Thevenot。

维护者:Alexis Delabriere < Alexis . Delabriere at outlook.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("proFIA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“proFIA”)

超文本标记语言	R脚本	处理FIA-HRMS数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	Lipidomics，MassSpectrometry，代谢组学，PeakDetection，预处理，蛋白质组学，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	CeCILL
取决于	R (>= 2.5.0)，xcms
进口	统计，图形，utils, grDevices，方法，pracma，Biobase，minpack.lm，BiocParallel，missForest，ropls
链接
建议	BiocGenerics，plasFIA，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	plasFIA
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	proFIA_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	proFIA_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	proFIA_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proFIA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/proFIA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proFIA/
软件包下载报告	下载数据