高伦雅芙

DOI:10.18129 / B9.bioc.proActiv

这是发展proActiv版本;稳定版请参见高伦雅芙．

从RNA-Seq数据估计启动子活性

Bioconductor版本:开发(3.16)

大多数人类基因有多个启动子，控制不同亚型的表达。使用这些替代启动子可以在转录前调节异构体的表达。替代启动子已被发现在广泛的细胞类型和疾病中是重要的。proActiv是一个R包，可以分析RNA-seq数据中的启动子。proActiv使用对齐的读取作为输入，并为每个注释启动子生成计数和规范化启动子活性估计。特别地，proActiv接受来自TopHat2或STAR或BAM文件的连接文件作为输入。然后，这些估计可以用来确定哪些启动子是活跃的，哪些启动子是不活跃的，以及哪些启动子在不同条件下会改变其活性。proActiv还可以在不同条件下可视化启动子活性。

作者:Deniz Demircioglu [aut]， Jonathan Göke [aut]， Joseph Lee [cre]

维护者:Joseph Lee < Joseph。李在u.nus.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("proActiv")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“高伦雅芙”)

超文本标记语言	R脚本	用proActiv从RNA-Seq数据中识别活性和替代启动子
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialSplicing，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，预处理，RNASeq，软件，转录，转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	AnnotationDbi，BiocParallel，data.table，dplyr，DESeq2，IRanges，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，ggplot2，gplots、图形、方法、rlang，尺度，S4Vectors，SummarizedExperiment统计数据,宠物猫
链接
建议	testthat，rmarkdown，knitr，Rtsne，gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GoekeLab/proActiv
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	proActiv_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	proActiv_1.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	proActiv_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proActiv
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/proActiv
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proActiv/
软件包下载报告	下载数据