- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- prebs(开发版)
prebs
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DOI:10.18129 / B9.bioc.prebs
这是发展prebs版本;稳定的发布版本,请参阅prebs。
调查地区表达式估计RNA-seq改进的微阵列数据可比性
Bioconductor版本:发展(3.17)
prebs包旨在使RNA-sequencing (RNA-seq)数据更加接近微阵列数据。可比性是通过总结sequencing-based表达式的算法RMA的探测区域使用修改后的版本。管道需要映射读取BAM格式作为输入并产生基因表达式或原始微阵列探针组表达式作为输出。
作者:Karolis Uziela Antti Honkela
维护人员:Karolis Uziela < Karolis。在scilifelab.se uziela >
从内部引用(R,回车引用(“prebs”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“prebs”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“prebs”)
| R脚本 | prebs用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression,ImmunoOncology,微阵列,预处理,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.39.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(10年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 2.14.0),GenomicAlignments,affy,战 |
| 进口 | 平行,方法、统计数据GenomicRanges(> = 1.13.3),IRanges,Biobase,GenomeInfoDb,S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | prebsdata,hgu133plus2cdf,hgu133plus2probe |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | prebs_1.39.0.tar.gz |
| Windows二进制 | prebs_1.39.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | prebs_1.39.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ prebs |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/prebs/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/prebs/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
