pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

这是发展pqsfinder版本;稳定的发布版本,请参阅pqsfinder。

识别潜在的四重的形成序列

Bioconductor版本:发展(3.17)

Pqsfinder检测DNA和RNA序列模式可能会折叠成一个分子内G-quadruplex (G4)。与其他方法不同,pqsfinder能够检测G4s折叠从包含凸起或不匹配或不完美的G-runs G4s长期循环。Pqsfinder也分配一个整数的分数上安装每次攻击G4测序数据和对应于折叠G4的预期稳定。

作者:雅罗西克宝贝Dominika Labudova,梅Lexa和托马斯Martinek

维修工:雅罗西克鸿<忌日。亲爱的:gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pqsfinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pqsfinder”)

HTML	R脚本	pqsfinder:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation,MotifDiscovery,SequenceMatching,软件
版本	2.15.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),Biostrings
进口	Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors、方法
链接	Rcpp,黑洞(> = 1.78.0)
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,Gviz,rtracklayer,ggplot2,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,testthat,stringr,stringi
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL	https://pqsfinder.fi.muni.cz
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pqsfinder_2.15.1.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_2.15.1.zip
macOS二进制(x86_64)	pqsfinder_2.15.1.tgz
macOS二进制(arm64)	pqsfinder_2.15.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pqsfinder
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pqsfinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
包下载报告	下载数据