podkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat

这是发展podkat版本;稳定版请参见podkat．

位置相关核关联检验

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包提供了一个关联测试，能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法将变量的位置考虑在内。该测试可用于预处理矩阵数据，也可直接用于VCF文件中存储的变量数据。关联检测可以进行全基因组，全外显子组，或限制在预定义的感兴趣的区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。

作者:Ulrich Bodenhofer

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("podkat")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“podkat”)

PDF	R脚本	PODKAT -一个R包，用于涉及稀有和私有变体的关联测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation，WholeGenome
版本	1.29.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，Rsamtools(> = 1.99.1),GenomicRanges
进口	Rcpp(>= 0.11.1)，并行，统计，图形，grDevices, utils，Biobase，BiocGenerics，矩阵，GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，BSgenome(> = 1.32.0)
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。蒙面,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38。knownGene BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation，SummarizedExperiment，knitr
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/UBod/podkat
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	podkat_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	podkat_1.29.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	podkat_1.29.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/podkat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
软件包下载报告	下载数据