pipeFrame

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeFrame

这是发展pipeFrame版本;稳定的发布版本,请参阅pipeFrame。

生物信息学在R的管道框架

Bioconductor版本:发展(3.17)

pipeFrame是构建一个组件化的生物信息学的R包管道。每个步骤在这个管道是包裹在框架中,因此无缝并自动创建步骤之间的连接。用户可以将更多的注意力放在微调参数而不是花很多时间在转换文件格式,通过任务输出输入或安装的依赖关系。组件化一步元素可以灵活定制到其他新管道。这个管道可以分成几个重要功能步骤,所以它是更容易为用户了解每个步骤的复杂的参数而不是从整个管道参数组合。同时,组件化的管道可以重启的断点,避免重新运行整个管道,这可能为用户节省大量时间在管道调优或停电等问题或其他过程中断。

作者:郑魏、闪亮的马

维护人员:郑魏< wzweizheng qq.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pipeFrame”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pipeFrame”)

HTML	R脚本	介绍pipeFrame
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件,WorkflowStep
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	BSgenome,消化,visNetwork,magrittr、方法、Biostrings,GenomeInfoDb、并行数据,跑龙套,rmarkdown
链接
建议	BiocManager,knitr,rtracklayer,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/pipeFrame
BugReports	https://github.com/wzthu/pipeFrame/issues
取决于我	enrichTF,esATAC
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pipeFrame_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	pipeFrame_1.15.0.zip
macOS二进制(x86_64)	pipeFrame_1.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)	pipeFrame_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeFrame
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pipeFrame
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pipeFrame/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pipeFrame/
包下载报告	下载数据