管道

doi：10.18129/b9.bioc.pipecomp

这是发展PipeComp的版本；对于稳定版本，请参阅管道。

管道管道基准测试框架

生物导体版本：开发（3.16）

一个简单的框架，可促进涉及各个步骤和参数的管道比较。``pipelinedefinition''类代表管道，因为在上一组输出上连续执行了一组功能，并选择伴随逐步评估和聚合功能。鉴于这样一个对象，一组替代参数/方法和基准数据集，然后`runpipeline`函数都通过所有组合参数进行进行操作，避免重新计算相同的步骤两次，并在飞行上进行汇总评估，以避免存储潜在的大型中间数据。

作者：Pierre-Luc Germain [CRE，AUT]，安东尼·索雷尔[aut]，Mark D. Robinson [Aut，FND]

维护者：Pierre-Luc Germain

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ pipecomp”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pipeComp”）

html	R脚本	管道
html	R脚本	pipecomp_dea
html	R脚本	pipecomp_scrna
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，datarepresentation，，，，基因表达，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（2年）
执照	GPL
要看	R（> = 4.1）
进口	生物比较，，，，S4VECTORS，，，，复杂的图像，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，Seurat，，，，矩阵，，，，矩阵，，，，簇，，，，Aricode，方法，utils，dplyr， 网格，秤，，，，斯克兰，，，，Viridislite，，，，线索，，，，Randomcolor，，，，GGPLOT2，，，，牛仔图，，，，固有限制，，，，评分，，，，尼特，，，，RESHAPE2，统计RTSNE，，，，UWOT，，，，循环，，，，rcolorbrewer
链接
建议	生物使用，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://doi.org/10.1186/s13059-020-02136-7
BugReports	https://github.com/plger/pipecomp
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pipecomp_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	pipecomp_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	PIPECOMP_1.7.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipecomp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pipecomp
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pipecomp/
软件包下载报告	下载统计