phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

这是发展系统序列版本;稳定版请参见phyloseq．

高通量微生物组普查数据的处理和分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

Phyloseq提供了一组类和工具来促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie < joey711@gmail.com >， Susan Holmes < Susan at stat.stanford.edu>， Gregory Jordan和Scott Chamberlain也有贡献

维护者:Paul J. McMurdie < joey711@gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #下面初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("phyloseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“phyloseq”)

超文本标记语言	R脚本	分析装饰图案
超文本标记语言	R脚本	phyloseq和DESeq2对结直肠癌数据的影响
超文本标记语言	R脚本	Phyloseq基础插图
超文本标记语言	R脚本	系统序列常见问题(FAQ)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GeneticVariability，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，测序，软件
版本	1.43.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(11年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	ade4(> = 1.7 4),猿(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(>= 1.0.1)，方法(>= 3.3.0)，乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.5)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),magrittr(> = 1.5),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.10)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
全靠我	微生物组，SIAMCAT
进口我	benchdamic，结合，HMP2Data，MBECS，metavizr，microbiomeDASim，microbiomeMarker，PathoStat，完美的，RCM，reconsi，战，SimBu，SPsimSeq
建议我	CBEA，decontam，HMP16SData，米娅，MicrobiotaProcess，MMUPHin，philr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	phyloseq_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.43.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	phyloseq_1.43.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/phyloseq
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/phyloseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
软件包下载报告	下载数据