philr

DOI:10.18129 / B9.bioc.philr

这是发展philr版本;稳定的发布版本,请参阅philr。

基于系统分区的劳工关系转换为宏基因组数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

PhILR是系统发育等距Log-Ratio变换。这个包提供了功能成分的分析数据(例如,数据代表的比例不同的变量/部分)。特别是这个包允许成分分析数据可以通过一个系统发育树相关的部分(如微生物群是常见的调查数据)并使之可用等距日志比例变换从系统发育树构建和利用加权参考措施。

作者:贾斯汀·西尔弗曼(aut (cre),狮子座拉赫蒂(施)

维护人员:贾斯汀Silverman < jsilve24 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“philr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“philr”)

HTML	R脚本	介绍PhILR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.25.3
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	猿,phangorn tidyr ggplot2,ggtree、方法
链接
建议	testthat、knitr ecodist rmarkdown,BiocStyle,phyloseq,SummarizedExperiment,TreeSummarizedExperimentglmnet dplyr,米娅
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jsilve24/philr
BugReports	https://github.com/jsilve24/philr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	philr_1.25.3.tar.gz
Windows二进制	philr_1.25.3.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/philr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ philr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/philr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/philr/
包下载报告	下载数据