phenomis

DOI:10.18129 / B9.bioc.phenomis

这是发展phenomis版本;稳定的发布版本,请参阅phenomis。

组学数据的后处理和单变量分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

phenomis的包提供了一些方法来执行后处理(即质量控制和规范化)以及单变量统计分析单和multi-omics数据集。这些方法包括质量控制指标,信号漂移和批处理效应校正,亮度变换,单变量假设检验,而且聚类(以及代谢组学数据的注释)。数据处理标准Bioconductor格式(例如SummarizedExperiment MultiAssayExperiment单一和multi-omics数据集,分别;另一种ExpressionSet和MultiDataSet格式还支持为了方便)。因此,所有的方法都可以随时连接为工作流。管道可以进一步丰富了多元分析和特征选择,通过使用“ropls”和“biosigner”包,它支持相同的格式。数据可以方便地导入和导出到文本文件。虽然方法最初是针对代谢组学数据,大部分的方法可以应用于其他类型的组学数据(如转录组、蛋白质组学)。

作者:艾蒂安a Thevenot (aut (cre),Natacha Lenuzza[所有],玛丽Tremblay-Franco[所有],阿莉莎伊伯特[所有],Pierrick罗杰(施),埃里克Venot[所有],Sylvain Dechaumet(施)

维修工:艾蒂安a Thevenot <艾蒂安。在cea.fr thevenot >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“phenomis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	phenomis-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,聚类,报道,KEGG,MassSpectrometry,代谢组学,归一化,蛋白质组学,质量控制,测序,软件,StatisticalMethod,转录组
版本	1.3.8
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	CeCILL
取决于	SummarizedExperiment
进口	Biobase,biodb,biodbChebi、数据。表,徒劳的。记录器,ggplot2 ggrepel、图形、grDevices网格,htmlwidgets, igraph,limma、方法、MultiAssayExperiment,MultiDataSetRColorBrewer PMCMRplus情节,管理员,ropls、统计、宠物猫tidyr跑龙套,文氏图
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,biosigner,慢性淋巴细胞白血病knitr,omicade4、rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1038/s41597 - 021 - 01095 - 3
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	phenomis_1.3.8.tar.gz
Windows二进制	phenomis_1.3.8.zip
macOS二进制(x86_64)	phenomis_1.3.8.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phenomis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phenomis
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/phenomis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phenomis/
包下载报告	下载数据