phenoTest

DOI:10.18129 / B9.bioc.phenoTest

这是发展phenoTest版本;稳定的发布版本,请参阅phenoTest。

工具来测试基因表达和表型之间的联系的方式高效、结构化、快速和可伸缩的。我们还提供了工具来做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。

Bioconductor版本:发展(3.17)

工具来测试基因表达之间的相关性和表型的方式高效、结构化、快速和可伸缩的。GSEA也提供。

作者:Evarist星球

维护人员:< Evarist Evarist行星。行星epfl.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“phenoTest”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	手册phenoTest图书馆
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,聚类,DifferentialExpression,微阵列,MultipleComparison,软件
版本	1.47.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(12年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0),Biobase、方法、注释,Heatplus,BMA,ggplot2,Hmisc
进口	生存,limma,gplots,类别,AnnotationDbi,hopach,biomaRt,GSEABase,genefilter,xtable,注释,mgcv,hgu133a.db,椭圆
链接
建议	GSEABase,GO.db
SystemRequirements
增强了	平行,org.Ce.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Dm.eg.db
URL
取决于我
进口我	癌症
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	phenoTest_1.47.0.tar.gz
Windows二进制	phenoTest_1.47.0.zip
macOS二进制(x86_64)	phenoTest_1.47.0.tgz
macOS二进制(arm64)	phenoTest_1.47.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phenoTest
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phenoTest
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/phenoTest/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phenoTest/
包下载报告	下载数据