peco

DOI:10.18129 / B9.bioc.peco

这是发展peco版本;稳定的发布版本,请参阅peco。

的监督方法* * P * * r * * e * * dict * * c公关* *啊,* * * *魔法循环使用scRNA-seq数据移位

Bioconductor版本:发展(3.16)

我们的方法提供了一种方法来分配连续的细胞周期阶段使用scRNA-seq数据,因此,可以确定循环沿着细胞周期基因表达水平的趋势。这个包提供了方法和训练数据,包括scRNA-seq收集的数据从6个人细胞系的诱导多能干细胞(万能),并连续细胞周期阶段来自FUCCI荧光成像数据。

作者:Chiaowen乔伊斯·萧(aut (cre),马修•斯蒂芬斯(aut)约翰Blischak[所有]彼得Carbonetto(施)

维护人员:Chiaowen乔伊斯萧<乔伊斯。在gmail.com hsiao1 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“peco”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“peco”)

HTML	R脚本	使用peco预测细胞周期阶段的一个例子
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,转录组,可视化
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	为了,圆形,conicfit,doParallel,foreach,genlasso(> = 1.4)、图形方法,平行,嘘,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jhsiao999/peco
BugReports	https://github.com/jhsiao999/peco/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	peco_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	peco_1.9.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	peco_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/peco
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ peco
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/peco/
包下载报告	下载数据