paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

这是发展paxtoolsr的版本;稳定发布版本请参见paxtoolsr．

通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径

Bioconductor版本:开发(3.17)

该包提供了一组R函数，用于使用Paxtools和查询Pathway Commons (PC)分子交互数据库与BioPAX OWL文件交互。Pathway Commons是纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)、丹娜-法伯癌症研究所(DFCI)和多伦多大学的一个项目。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、完整、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:奥古斯丁·卢纳[aut, cre]

维护者:Augustin Luna

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("paxtoolsr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“paxtoolsr”)

超文本标记语言	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，通路，Reactome，软件，SystemsBiology
版本	1.33.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.2)，rJava(>= 0.9-8)，方法XML
进口	跑龙套,httr，igraph，plyr，rjson，R.utils，jsonlite，readr，rappdirs
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，formatR，rmarkdown，RColorBrewer，foreach，doSNOW平行,org.Hs.eg.db，clusterProfiler
SystemRequirements	Java (>= 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
全靠我
进口我
建议我	netboxr
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	paxtoolsr_1.33.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/paxtoolsr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载数据